ridm@nrct.go.th   ระบบคลังข้อมูลงานวิจัยไทย   รายการโปรดที่คุณเลือกไว้

A calculation pipeline of expectation maximization for admixture application

หน่วยงาน จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย

รายละเอียด

ชื่อเรื่อง : A calculation pipeline of expectation maximization for admixture application
นักวิจัย : Alongkot Burutarchanai
คำค้น : Integrated circuits , Heredity , ปริญญาดุษฎีบัณฑิต , พันธุกรรม , วงจรรวม
หน่วยงาน : จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
ผู้ร่วมงาน : Prabhas Chongstitvatana , Chulalongkorn University. Faculty of Engineering
ปีพิมพ์ : 2555
อ้างอิง : http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/36724
ที่มา : -
ความเชี่ยวชาญ : -
ความสัมพันธ์ : -
ขอบเขตของเนื้อหา : -
บทคัดย่อ/คำอธิบาย :

Thesis (Ph.D.)--Chulalongkorn University, 2012

This thesis presents a calculation method of Admixture. Admixture is a tool to stratify the genotype data to infer the mixing ratio of its ancestry groups. Likelihood calculation was proposed to represent the admixture calculation. Expectation Maximization method was proposed to solve the likelihood problem. Expectation Maximization is based on an iterative mehod that takes very long time. Moreover, the calculation time is too slow for large genetic data. This dissertation proposed a design of FPGA for likelihood calculation. The FPGA has high floating-point operation performance and the calculation is suitable for FPGA. The number of floating point circuit that can be instantiated is more than the floating point units in a general processor. Systolic architecture was applied to the design. The systolic architecute and FPGA can directly stream the input data to the calculation unit. The streaming of input data reduces the memory overhead. The memory overhead is a main bottleneck of the calculation. Furthermore, the design of FPGA connection can reduce the communication cost of each calculation unit. The FPGA operated at 25 MHz gains speed up 4.5x when compared to a single core processor operated at 2.4GHz.

บรรณานุกรม :
Alongkot Burutarchanai . (2555). A calculation pipeline of expectation maximization for admixture application.
    กรุงเทพมหานคร : จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย.
Alongkot Burutarchanai . 2555. "A calculation pipeline of expectation maximization for admixture application".
    กรุงเทพมหานคร : จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย.
Alongkot Burutarchanai . "A calculation pipeline of expectation maximization for admixture application."
    กรุงเทพมหานคร : จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย, 2555. Print.
Alongkot Burutarchanai . A calculation pipeline of expectation maximization for admixture application. กรุงเทพมหานคร : จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย; 2555.