ridm@nrct.go.th   ระบบคลังข้อมูลงานวิจัยไทย   รายการโปรดที่คุณเลือกไว้

Degenerate primer designing system for gene biodiversity study using dynamic pattern matching

หน่วยงาน จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย

รายละเอียด

ชื่อเรื่อง : Degenerate primer designing system for gene biodiversity study using dynamic pattern matching
นักวิจัย : Weeris Treeratanajaru
คำค้น : Biodiversity , Variation (Biology) , Molecular biology -- Technique , Gene biodiversity , Degenerate primer , Dynamic pattern matching , ความหลากหลายทางชีวภาพ , ความผันแปร (ชีววิทยา) , ชีวโมเลกุล -- เทคนิค
หน่วยงาน : จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
ผู้ร่วมงาน : Rajalida Lipikorn , Supawin Watcharamul , Chulalongkorn University. Faculty of Science
ปีพิมพ์ : 2554
อ้างอิง : http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/36099
ที่มา : -
ความเชี่ยวชาญ : -
ความสัมพันธ์ : -
ขอบเขตของเนื้อหา : -
บทคัดย่อ/คำอธิบาย :

Thesis (M.Sc.)--Chulalongkorn University, 2011

Degenerate primer design for studying biodiversity is a difficult step in molecular biology. The primers must be specific to the gene. Choosing the right primers are somewhat difficult and sometimes led to mismatching. Several primer design systems have been developed to overcome this problem. In this study, the Dynamic Pattern Matching technique has been developed and applied to find bacterial universal primers and specific primers for Glycoside Hydrolase Family 45 genes. Aligned sequences from test sets are entered into the system which consists of three steps: data reformation, primer design, and property filtering. First, degenerate and consensus sequences are calculated using statistical models. The results are combined with Gibbs Free Energy to design and select the most appropriate sequences as a series of primer sets. Moreover, users can also adjust their own criteria for each primer set. The results indicate that the degenerate primers designed by our proposed system are proved to be positive.

บรรณานุกรม :
Weeris Treeratanajaru . (2554). Degenerate primer designing system for gene biodiversity study using dynamic pattern matching.
    กรุงเทพมหานคร : จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย.
Weeris Treeratanajaru . 2554. "Degenerate primer designing system for gene biodiversity study using dynamic pattern matching".
    กรุงเทพมหานคร : จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย.
Weeris Treeratanajaru . "Degenerate primer designing system for gene biodiversity study using dynamic pattern matching."
    กรุงเทพมหานคร : จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย, 2554. Print.
Weeris Treeratanajaru . Degenerate primer designing system for gene biodiversity study using dynamic pattern matching. กรุงเทพมหานคร : จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย; 2554.