ridm@nrct.go.th   ระบบคลังข้อมูลงานวิจัยไทย   รายการโปรดที่คุณเลือกไว้

Performance analysis & improvement of SNPHAP on Multi-core CPUs

หน่วยงาน สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ

รายละเอียด

ชื่อเรื่อง : Performance analysis & improvement of SNPHAP on Multi-core CPUs
นักวิจัย : Ranokphanuwat, Ratthaslip , Kittitornkun, Surin , Sissades Tongsima
คำค้น : Algorithms , Application Programming Interfaces (API) , Cache Memory , Clock Frequency , Computational Complexity , Computational Problem , Haplotype Inference , Hyper-Threading , Inference Engines , Information technology , Memory Technology , Microprocessor Chips , Multi-Core Cpus , Performance Analysis , Program Processors , Run Time Complexity , สาขาเทคโนโลยีสารสนเทศและนิเทศศาสตร์
หน่วยงาน : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ
ผู้ร่วมงาน : -
ปีพิมพ์ : 2556
อ้างอิง : http://www.nstda.or.th/thairesearch/node/25291
ที่มา : -
ความเชี่ยวชาญ : -
ความสัมพันธ์ : -
ขอบเขตของเนื้อหา : -
บทคัดย่อ/คำอธิบาย :

In this paper, we attempt to analyse this highly computational problem by parallelizing a haplotype inference algorithm, called SNPHAP. The analysis is based on both the orignal (sequential) algorithm and its corresponding run time complexity in Big-O notations. Then, we improve its performance using OpenMP 3.0 and test on a 4-core Intel Core i7-2600 (Hyper-Threading), an 8-core Intel XeonE5405, an 8-core Intel Xeon E5520 (Hyper-Threading) and a 32-core AMD Opteron 8356 Linux machines. The achievements in terms of maximum speedups are 260%, 316%, 410% and 488%, respectively. The factors that affect the speedup of SNPHAP are the specific parallelized code fraction, the suitable OpenMP constructs, the number of physical cores, the sizes of cache memories within/among CPU cores, the clock frequency and finally the memory technology.

บรรณานุกรม :
Ranokphanuwat, Ratthaslip , Kittitornkun, Surin , Sissades Tongsima . (2556). Performance analysis & improvement of SNPHAP on Multi-core CPUs.
    ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ.
Ranokphanuwat, Ratthaslip , Kittitornkun, Surin , Sissades Tongsima . 2556. "Performance analysis & improvement of SNPHAP on Multi-core CPUs".
    ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ.
Ranokphanuwat, Ratthaslip , Kittitornkun, Surin , Sissades Tongsima . "Performance analysis & improvement of SNPHAP on Multi-core CPUs."
    ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ, 2556. Print.
Ranokphanuwat, Ratthaslip , Kittitornkun, Surin , Sissades Tongsima . Performance analysis & improvement of SNPHAP on Multi-core CPUs. ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ; 2556.