ridm@nrct.go.th   ระบบคลังข้อมูลงานวิจัยไทย   รายการโปรดที่คุณเลือกไว้

RNA family classification using the conditional random fields model

หน่วยงาน สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ

รายละเอียด

ชื่อเรื่อง : RNA family classification using the conditional random fields model
นักวิจัย : Sitthichoke Subpaiboonkit , Chinae Thammarongtham , Jeerayut Chaijaruwanich , สิทธิโชค ทรัพย์ไพบูลย์กิจ , ชิเน ธำมรงค์ธรรม , จีรยุทธ ไชยจารุวณิช
คำค้น : Bioinformatics , Biological sciences , Conditional random fields , Machine learning , Plant biotechnology and related agricultural science , Plant genetics , RNA family classification , ศูนย์พันธุวิศวกรรมและเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ , สาขาเกษตรศาสตร์และชีววิทยา
หน่วยงาน : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ
ผู้ร่วมงาน : -
ปีพิมพ์ : 2555
อ้างอิง : http://www.nstda.or.th/thairesearch/node/23332
ที่มา : -
ความเชี่ยวชาญ : -
ความสัมพันธ์ : -
ขอบเขตของเนื้อหา : -
บทคัดย่อ/คำอธิบาย :

RNA family classification is one of the neccesary tasks needed to characterize sequenced genomes. RNA families are defined by member sequences which perform the same function in different species. Such functions have a strong relationship with RNA secondary structures but not the primary sequence. Thus RNA sequences alone are not sufficient to classify RNA families. Here, we focus on computational RNA family classification by exploring primary sequences with RNA secondary structures as the selected feature to classify the RNA family using the method of conditional random fields (CRFs). This model treats RNA classification as a sequence labeling problem. Our CRFs models can classify the RNA families of the test RNA data sets with optimal F-score prediction between 98.77% - 99.32% for different RNA families.

บรรณานุกรม :
Sitthichoke Subpaiboonkit , Chinae Thammarongtham , Jeerayut Chaijaruwanich , สิทธิโชค ทรัพย์ไพบูลย์กิจ , ชิเน ธำมรงค์ธรรม , จีรยุทธ ไชยจารุวณิช . (2555). RNA family classification using the conditional random fields model.
    ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ.
Sitthichoke Subpaiboonkit , Chinae Thammarongtham , Jeerayut Chaijaruwanich , สิทธิโชค ทรัพย์ไพบูลย์กิจ , ชิเน ธำมรงค์ธรรม , จีรยุทธ ไชยจารุวณิช . 2555. "RNA family classification using the conditional random fields model".
    ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ.
Sitthichoke Subpaiboonkit , Chinae Thammarongtham , Jeerayut Chaijaruwanich , สิทธิโชค ทรัพย์ไพบูลย์กิจ , ชิเน ธำมรงค์ธรรม , จีรยุทธ ไชยจารุวณิช . "RNA family classification using the conditional random fields model."
    ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ, 2555. Print.
Sitthichoke Subpaiboonkit , Chinae Thammarongtham , Jeerayut Chaijaruwanich , สิทธิโชค ทรัพย์ไพบูลย์กิจ , ชิเน ธำมรงค์ธรรม , จีรยุทธ ไชยจารุวณิช . RNA family classification using the conditional random fields model. ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ; 2555.