ridm@nrct.go.th   ระบบคลังข้อมูลงานวิจัยไทย   รายการโปรดที่คุณเลือกไว้

MicroPIR: An integrated database of microRNA target sites within human promoter sequences

หน่วยงาน สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ

รายละเอียด

ชื่อเรื่อง : MicroPIR: An integrated database of microRNA target sites within human promoter sequences
นักวิจัย : Jittima Piriyapongsa , Chaiwat Bootchai , Chumpol Ngamphiw , Sissades Tongsima , จิตติมา พิริยะพงศา , ชัยวัฒน์ บุตรไชย , ชุมพล งามผิว , ศิษเฎศ ทองสิมา
คำค้น : Biological sciences , Biology , Biology and biochemistry , Human promoter sequences , microRNAs , ลำดับโปรโมเตอร์ของมนุษย์ , ศูนย์พันธุวิศวกรรมและเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ , สาขาเกษตรศาสตร์และชีววิทยา
หน่วยงาน : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ
ผู้ร่วมงาน : -
ปีพิมพ์ : 2555
อ้างอิง : http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0033888#abstract0 , http://www.nstda.or.th/thairesearch/node/23206
ที่มา : -
ความเชี่ยวชาญ : -
ความสัมพันธ์ : -
ขอบเขตของเนื้อหา : -
บทคัดย่อ/คำอธิบาย :

Background

microRNAs are generally understood to regulate gene expression through binding to target sequences within 3′-UTRs of mRNAs. Therefore, computational prediction of target sites is usually restricted to these gene regions. Recent experimental studies though have suggested that microRNAs may alternatively modulate gene expression by interacting with promoters. A database of potential microRNA target sites in promoters would stimulate research in this field leading to more understanding of complex microRNA regulatory mechanism. Methodology

We developed a database hosting predicted microRNA target sites located within human promoter sequences and their associated genomic features, called microPIR (microRNA-Promoter Interaction Resource). microRNA seed sequences were used to identify perfect complementary matching sequences in the human promoters and the potential target sites were predicted using the RNAhybrid program. >15 million target sites were identified which are located within 5000 bp upstream of all human genes, on both sense and antisense strands. The experimentally confirmed argonaute (AGO) binding sites and EST expression data including the sequence conservation across vertebrate species of each predicted target are presented for researchers to appraise the quality of predicted target sites. The microPIR database integrates various annotated genomic sequence databases, e.g. repetitive elements, transcription factor binding sites, CpG islands, and SNPs, offering users the facility to extensively explore relationships among target sites and other genomic features. Furthermore, functional information of target genes including gene ontologies, KEGG pathways, and OMIM associations are provided. The built-in genome browser of microPIR provides a comprehensive view of multidimensional genomic data. Finally, microPIR incorporates a PCR primer design module to facilitate experimental validation.

Conclusions

The proposed microPIR database is a useful integrated resource of microRNA-promoter target interactions for experimental microRNA researchers and computational biologists to study the microRNA regulation through gene promoter. The database can be freely accessed from: http://www4a.biotec.or.th/micropir.

บรรณานุกรม :
Jittima Piriyapongsa , Chaiwat Bootchai , Chumpol Ngamphiw , Sissades Tongsima , จิตติมา พิริยะพงศา , ชัยวัฒน์ บุตรไชย , ชุมพล งามผิว , ศิษเฎศ ทองสิมา . (2555). MicroPIR: An integrated database of microRNA target sites within human promoter sequences.
    ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ.
Jittima Piriyapongsa , Chaiwat Bootchai , Chumpol Ngamphiw , Sissades Tongsima , จิตติมา พิริยะพงศา , ชัยวัฒน์ บุตรไชย , ชุมพล งามผิว , ศิษเฎศ ทองสิมา . 2555. "MicroPIR: An integrated database of microRNA target sites within human promoter sequences".
    ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ.
Jittima Piriyapongsa , Chaiwat Bootchai , Chumpol Ngamphiw , Sissades Tongsima , จิตติมา พิริยะพงศา , ชัยวัฒน์ บุตรไชย , ชุมพล งามผิว , ศิษเฎศ ทองสิมา . "MicroPIR: An integrated database of microRNA target sites within human promoter sequences."
    ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ, 2555. Print.
Jittima Piriyapongsa , Chaiwat Bootchai , Chumpol Ngamphiw , Sissades Tongsima , จิตติมา พิริยะพงศา , ชัยวัฒน์ บุตรไชย , ชุมพล งามผิว , ศิษเฎศ ทองสิมา . MicroPIR: An integrated database of microRNA target sites within human promoter sequences. ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ; 2555.