ridm@nrct.go.th   ระบบคลังข้อมูลงานวิจัยไทย   รายการโปรดที่คุณเลือกไว้

pHCR: a Parallel Haplotype Configuration Reduction algorithm for haplotype interaction analysis

หน่วยงาน สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ

รายละเอียด

ชื่อเรื่อง : pHCR: a Parallel Haplotype Configuration Reduction algorithm for haplotype interaction analysis
นักวิจัย : Wattanan Makarasara , Natsuhiko Kumasaka , Anunchai Assawamakin , Atsushi Takahashi , Apichart Intarapanich , Chumpol Ngamphiw , Supasak Kulawonganunchai , Uttapong Ruangrit , Suthat Fucharoen , Naoyuki Kamatani , Sissades Tongsima , วรรธนันท์ มกรสาร , อนันต์ชัย อัศวเมฆิน , อภิชาติ อินทรพานิชย์ , ชุมพล งามผิว
คำค้น : Gene–gene interaction , Haplotype , pHCR , Thailand. National Science and Technology Development Agency. National Center for Genetic Engineering and Biotechnology
หน่วยงาน : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ
ผู้ร่วมงาน : -
ปีพิมพ์ : 2552
อ้างอิง : http://www.nstda.or.th/thairesearch/node/18919
ที่มา : -
ความเชี่ยวชาญ : -
ความสัมพันธ์ : -
ขอบเขตของเนื้อหา : -
บทคัดย่อ/คำอธิบาย :

Finding gene interaction models is one of the most important issues in genotype–phenotype association studies. This paper presents a model-free nonparametric statistical interaction analysis known as Parallel Haplotype Configuration Reduction (pHCR). This technique extends the original Multifactor Dimensionality Reduction (MDR) algorithm by using haplotype contribution values (c-values) and a haplotype interaction scheme instead of analyzing interactions among single-nucleotide polymorphisms. The proposed algorithm uses the statistical power of haplotypes to obtain a gene–gene interaction model. pHCR computes a statistical value for each haplotype, which contributes to the phenotype, and then performs haplotype interaction analysis on the basis of the cumulative c-value of each individual haplotype. To address the high computational complexity of pHCR, this paper also presents a scalable parallel computing solution. Nine common two-locus disease models were used to evaluate the algorithm performance under different scenarios. The results from all cases showed that pHCR shows higher power to detect gene–gene interaction in comparison with the results obtained from running MDR on the same data set. We also compared pHCR with FAMHAP, which mainly considers haplotype in the association analysis. For every experiment on the simulated data set, pHCR correctly produced haplotype interactions with much fewer false positives. We also challenged pHCR with a real data set input of β-thalassemia/Hemoglobin E (HbE) disease. The result suggested the interaction between two previously reported quantitative trait loci of the fetal hemoglobin level, which is a major modifying factor, and disease severity of β-thalassemia/HbE disease.

บรรณานุกรม :
Wattanan Makarasara , Natsuhiko Kumasaka , Anunchai Assawamakin , Atsushi Takahashi , Apichart Intarapanich , Chumpol Ngamphiw , Supasak Kulawonganunchai , Uttapong Ruangrit , Suthat Fucharoen , Naoyuki Kamatani , Sissades Tongsima , วรรธนันท์ มกรสาร , อนันต์ชัย อัศวเมฆิน , อภิชาติ อินทรพานิชย์ , ชุมพล งามผิว . (2552). pHCR: a Parallel Haplotype Configuration Reduction algorithm for haplotype interaction analysis.
    ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ.
Wattanan Makarasara , Natsuhiko Kumasaka , Anunchai Assawamakin , Atsushi Takahashi , Apichart Intarapanich , Chumpol Ngamphiw , Supasak Kulawonganunchai , Uttapong Ruangrit , Suthat Fucharoen , Naoyuki Kamatani , Sissades Tongsima , วรรธนันท์ มกรสาร , อนันต์ชัย อัศวเมฆิน , อภิชาติ อินทรพานิชย์ , ชุมพล งามผิว . 2552. "pHCR: a Parallel Haplotype Configuration Reduction algorithm for haplotype interaction analysis".
    ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ.
Wattanan Makarasara , Natsuhiko Kumasaka , Anunchai Assawamakin , Atsushi Takahashi , Apichart Intarapanich , Chumpol Ngamphiw , Supasak Kulawonganunchai , Uttapong Ruangrit , Suthat Fucharoen , Naoyuki Kamatani , Sissades Tongsima , วรรธนันท์ มกรสาร , อนันต์ชัย อัศวเมฆิน , อภิชาติ อินทรพานิชย์ , ชุมพล งามผิว . "pHCR: a Parallel Haplotype Configuration Reduction algorithm for haplotype interaction analysis."
    ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ, 2552. Print.
Wattanan Makarasara , Natsuhiko Kumasaka , Anunchai Assawamakin , Atsushi Takahashi , Apichart Intarapanich , Chumpol Ngamphiw , Supasak Kulawonganunchai , Uttapong Ruangrit , Suthat Fucharoen , Naoyuki Kamatani , Sissades Tongsima , วรรธนันท์ มกรสาร , อนันต์ชัย อัศวเมฆิน , อภิชาติ อินทรพานิชย์ , ชุมพล งามผิว . pHCR: a Parallel Haplotype Configuration Reduction algorithm for haplotype interaction analysis. ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ; 2552.