ridm@nrct.go.th   ระบบคลังข้อมูลงานวิจัยไทย   รายการโปรดที่คุณเลือกไว้

Characterization of Vibrio cholerae O1 Isolated During 2001-2004 by Variable Number of Tandem Repeat (VNTR) Typing

หน่วยงาน สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ

รายละเอียด

ชื่อเรื่อง : Characterization of Vibrio cholerae O1 Isolated During 2001-2004 by Variable Number of Tandem Repeat (VNTR) Typing
นักวิจัย : Apisara Lutthisungoen , Sumalee Kondo , Suchat Udomsopagit , Nat Smittipat , Prasit Palittapongarnpim , อภิสรา ลัทธิสูงเนิน , สุมาลี คอนโด , สุชาต อุดมโสภกิจ , ณัฏฐ์ สมิตติพัฒน์ , ประสิทธิ์ ผลิตผลการพิมพ์
คำค้น : Variable number of tandem repeat , Vibrio cholerae O1 , ศูนย์พันธุวิศวกรรมและเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ , อหิวาตกโรค , เชื้อ Vibrio Cholerae
หน่วยงาน : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ
ผู้ร่วมงาน : -
ปีพิมพ์ : 2551
อ้างอิง : http://www.nstda.or.th/thairesearch/node/17680
ที่มา : -
ความเชี่ยวชาญ : -
ความสัมพันธ์ : -
ขอบเขตของเนื้อหา : -
บทคัดย่อ/คำอธิบาย :

Vibrio cholerae causes severe secretory diarrhoea. The cholera infection remains a major problem of public health worldwide particularly in developing countries including Thailand. Variable numbers of tandem repeats (VNTRs) has been increasingly used as molecular markers for typing various bacteria. As it is PCR-based, this method provides more rapidity and reproducibility, lower intensive labor and less cost compared to other molecular techniques. This study was aimed to examine allelic diversity of variable number of tandem repeats (VNTRs) of V. cholerae O1 El Tor Inaba strains isolated from different regions of Thailand during 2001-2004 using the VNTR typing method. Ten loci of tandem repeats were selected and used for differentiating the isolates. The results of VNTR typing showed that the most potential marker for distinguishing the strains was at designated locus VC2_7. This locus showed variation of 5 alleles and Polymorphic Information Content (PIC) was 0.48. The other loci generated 1-2 alleles with a very low PIC value (0.095). The copy number of VNTRs among the strains from an outbreak in Songkla province isolated in the year 2001 (n=34) and other sporadic cases isolated during 2001-2004 except one isolate from Chaiyapum province revealed that it was genetically closely related. It was suggested that these close strains were most likely from the same origin and there was possibly low mutation rate of tandem repeats among the Inaba strains.

เชื้อ V. cholerae เป็นสาเหตุที่ทำให้เกิดโรคอุจจาระร่วงอย่างรุนแรงที่รู้จักกันในนามของอหิวาตกโรค ในปัจจุบันยังคงพบว่า มีปัญหาของการระบาดของเชื้อนี้ทั่วโลก เนื่องจากเป็นปัญหาทางด้านสาธารณสุข โดยเฉพาะประเทศกำลังพัฒนารวมถึงประเทศไทย วิธีการศึกษาด้วย Variable Number of Tandem Repeats (VNTRs) ได้ถูกนำมาใช้เป็น molecular marker สำหรับแยกชนิดของเชื้อแบคทีเรียต่างๆ ซึ่งใช้เทคนิค Polymerase chain reaction (PCR) ในการทดสอบ ซึ่งเป็นวิธีที่รวดเร็ว แม่นยำ ใช้แรงงานน้อยและราคาถูก เมื่อเทียบกับวิธีอื่น การศึกษาครั้งนี้มีจุดประสงค์เพื่อทดสอบหาความหลากหลายของอัลลีล โดยศึกษาจาก VNTRs ของเชื้อ V. cholerae O1 El Tor Inaba ที่แยกได้จากประเทศไทย ในช่วงระหว่างปี 2554-2557 โดยจำนวน 10 ตำแหน่งของ Tandem repeats ที่พบในโครโมโซม 1 และโครโมโซม 2 ของ V. cholerae ได้ถูกเลือกมาใช้สำหรับการแยกสลายพันธุ์ดังกล่าว ผลการทดสอบ VNTR typing แสดงให้เห็นว่า ตำแหน่งที่มีศักยภาพในการแยกสายพันธุ์คือตำแหน่ง VC2_7 โดยแสดงความแตกต่างของอัลลีลถึง 5 อัลลีล และค่า PIC เท่ากับ 0.48 แต่ที่ตำแหน่งอื่นแสดงความแตกต่างของอัลลีลเพียง 1-2 อัลลีล โดยให้ค่า PIC ที่ต่ำเพียง 0.095 ผลการทดสอบ VNTR typing ด้วย VC2_7 พบว่า จำนวน copy number ของ VNTR ที่พบในสายพันธุ์ที่ระบาดในจังหวัดสงขลา (n=34) พบว่าไม่มีความแตกต่างกัน อาจกล่าวได้ว่า สายพันธุ์ของ o1 EL Tor Inaba ที่ระบาดนั้นมาจากแหล่งกำเนิดเดียวกัน และพบว่ามีความใกล้ชิดกับสายพันธุ์ที่แยกช่วงในปี 2544-2547 ยกเว้นที่จังหวัดชัยภูมิ ซึ่งสายพันธุ์เหล่านี้อาจมีต้นกำเนิดเดียวกันและอาจมีการกลายพันธุ์ที่ TRs อย่างช้าๆ ในสายพันธุ์ serotype Inaba

บรรณานุกรม :
Apisara Lutthisungoen , Sumalee Kondo , Suchat Udomsopagit , Nat Smittipat , Prasit Palittapongarnpim , อภิสรา ลัทธิสูงเนิน , สุมาลี คอนโด , สุชาต อุดมโสภกิจ , ณัฏฐ์ สมิตติพัฒน์ , ประสิทธิ์ ผลิตผลการพิมพ์ . (2551). Characterization of Vibrio cholerae O1 Isolated During 2001-2004 by Variable Number of Tandem Repeat (VNTR) Typing.
    ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ.
Apisara Lutthisungoen , Sumalee Kondo , Suchat Udomsopagit , Nat Smittipat , Prasit Palittapongarnpim , อภิสรา ลัทธิสูงเนิน , สุมาลี คอนโด , สุชาต อุดมโสภกิจ , ณัฏฐ์ สมิตติพัฒน์ , ประสิทธิ์ ผลิตผลการพิมพ์ . 2551. "Characterization of Vibrio cholerae O1 Isolated During 2001-2004 by Variable Number of Tandem Repeat (VNTR) Typing".
    ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ.
Apisara Lutthisungoen , Sumalee Kondo , Suchat Udomsopagit , Nat Smittipat , Prasit Palittapongarnpim , อภิสรา ลัทธิสูงเนิน , สุมาลี คอนโด , สุชาต อุดมโสภกิจ , ณัฏฐ์ สมิตติพัฒน์ , ประสิทธิ์ ผลิตผลการพิมพ์ . "Characterization of Vibrio cholerae O1 Isolated During 2001-2004 by Variable Number of Tandem Repeat (VNTR) Typing."
    ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ, 2551. Print.
Apisara Lutthisungoen , Sumalee Kondo , Suchat Udomsopagit , Nat Smittipat , Prasit Palittapongarnpim , อภิสรา ลัทธิสูงเนิน , สุมาลี คอนโด , สุชาต อุดมโสภกิจ , ณัฏฐ์ สมิตติพัฒน์ , ประสิทธิ์ ผลิตผลการพิมพ์ . Characterization of Vibrio cholerae O1 Isolated During 2001-2004 by Variable Number of Tandem Repeat (VNTR) Typing. ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ; 2551.