ridm@nrct.go.th   ระบบคลังข้อมูลงานวิจัยไทย   รายการโปรดที่คุณเลือกไว้

VarDetect: a nucleotide sequence variation exploratory tool

หน่วยงาน สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ

รายละเอียด

ชื่อเรื่อง : VarDetect: a nucleotide sequence variation exploratory tool
นักวิจัย : Chumpol Ngamphiw , Supasak Kulawonganunchai , Anunchai Assawamakin , Ekachai Jenwitheesuk , Sissades Tongsima , ชุมพล งามผิว , เอกชัย เจนวิถีสุข , ศิษเฎศ ทองสิมา
คำค้น : Biology , SNP discovery , VarDetec , ศูนย์พันธุวิศวกรรมและเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ
หน่วยงาน : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ
ผู้ร่วมงาน : -
ปีพิมพ์ : 2551
อ้างอิง : http://www.nstda.or.th/thairesearch/node/17446
ที่มา : -
ความเชี่ยวชาญ : -
ความสัมพันธ์ : -
ขอบเขตของเนื้อหา : -
บทคัดย่อ/คำอธิบาย :

Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are the most commonly studied units of genetic variation. The discovery of such variation may help to identify causative gene mutations in monogenic diseases and SNPs associated with predisposing genes in complex diseases. Accurate detection of SNPs requires software that can correctly interpret chromatogram signals to nucleotides. We present VarDetect, a stand-alone nucleotide variation exploratory tool that automatically detects nucleotide variation from fluorescence based chromatogram traces. Accurate SNP base-calling is achieved using pre-calculated peak content ratios, and is enhanced by rules which account for common sequence reading artifacts. The proposed software tool is benchmarked against four other well-known SNP discovery software tools (PolyPhred, novoSNP, Genalys and Mutation Surveyor) using fluorescence based chromatograms from 15 human genes. These chromatograms were obtained from sequencing 16 two-pooled DNA samples; a total of 32 individual DNA samples. In this comparison of automatic SNP detection tools, VarDetect achieved the highest detection efficiency. VarDetect is compatible with most major operating systems such as Microsoft Windows, Linux, and Mac OSX. The current version of VarDetect is freely available at http://www.biotec.or.th/GI/tools/vardetect

บรรณานุกรม :
Chumpol Ngamphiw , Supasak Kulawonganunchai , Anunchai Assawamakin , Ekachai Jenwitheesuk , Sissades Tongsima , ชุมพล งามผิว , เอกชัย เจนวิถีสุข , ศิษเฎศ ทองสิมา . (2551). VarDetect: a nucleotide sequence variation exploratory tool.
    ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ.
Chumpol Ngamphiw , Supasak Kulawonganunchai , Anunchai Assawamakin , Ekachai Jenwitheesuk , Sissades Tongsima , ชุมพล งามผิว , เอกชัย เจนวิถีสุข , ศิษเฎศ ทองสิมา . 2551. "VarDetect: a nucleotide sequence variation exploratory tool".
    ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ.
Chumpol Ngamphiw , Supasak Kulawonganunchai , Anunchai Assawamakin , Ekachai Jenwitheesuk , Sissades Tongsima , ชุมพล งามผิว , เอกชัย เจนวิถีสุข , ศิษเฎศ ทองสิมา . "VarDetect: a nucleotide sequence variation exploratory tool."
    ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ, 2551. Print.
Chumpol Ngamphiw , Supasak Kulawonganunchai , Anunchai Assawamakin , Ekachai Jenwitheesuk , Sissades Tongsima , ชุมพล งามผิว , เอกชัย เจนวิถีสุข , ศิษเฎศ ทองสิมา . VarDetect: a nucleotide sequence variation exploratory tool. ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ; 2551.