ridm@nrct.go.th   ระบบคลังข้อมูลงานวิจัยไทย   รายการโปรดที่คุณเลือกไว้

The genome-scale metabolic model iIN800 of Saccharomyces cerevisiae and its validation: a scaffold to query lipid metabolism

หน่วยงาน สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ

รายละเอียด

ชื่อเรื่อง : The genome-scale metabolic model iIN800 of Saccharomyces cerevisiae and its validation: a scaffold to query lipid metabolism
นักวิจัย : Intawat Nookaew , Michael C. Jewett , Asawin Meechai , Chinae Thammarongtham , Kobkul Laoteng , Supaporn Cheevadhanarak , Jens Nielsen , Sakarindr Bhumiratana , อินทวัฒน์ หนูแก้ว , อัศวิน มีชัย , ชิเน ธำมรงค์ธรรม , สุภาภรณ์ ชีวะธนรักษ์ , ศักรินทร์ ภูมิรัตน
คำค้น : Genome-scale metabolic model , Lipid metabolism , Molecular genetics , Saccharomyces cerevisiae , ศูนย์พันธุวิศวกรรมและเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ
หน่วยงาน : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ
ผู้ร่วมงาน : -
ปีพิมพ์ : 2551
อ้างอิง : http://www.nstda.or.th/thairesearch/node/14605
ที่มา : -
ความเชี่ยวชาญ : -
ความสัมพันธ์ : -
ขอบเขตของเนื้อหา : -
บทคัดย่อ/คำอธิบาย :

Background: Up to now, there have been three published versions of a yeast genome-scale metabolic model: iFF708, iND750 and iLL672. All three models, however, lack a detailed description of lipid metabolism and thus are unable to be used as integrated scaffolds for gaining insights into lipid metabolism from multilevel omic measurement technologies (e.g. genome-wide mRNA levels).

To overcome this limitation, we reconstructed a new version of the Saccharomyces cerevisiae genome-scale model, iIN800 that includes a more rigorous and detailed description of lipid metabolism.

Results: The reconstructed metabolic model comprises 1446 reactions and 1013 metabolites. Beyond incorporating new reactions involved in lipid metabolism, we also present new biomass equations that improve the predictive power of flux balance analysis simulations. Predictions of both growth capability and large scale in silico single gene deletions by iIN800 were consistent with experimental data. In addition, 13C-labeling experiments validated the new biomass equations and calculated intracellular fluxes. To demonstrate the applicability of iIN800, we show that the model can be used as a scaffold to reveal the regulatory importance of lipid metabolism precursors and intermediates that would have been missed in previous models from transcriptome datasets.

Conclusion: Performing integrated analyses using iIN800 as a network scaffold is shown to be a valuable tool for elucidating the behavior of complex metabolic networks, particularly for identifying regulatory targets in lipid metabolism that can be used for industrial applications or for understanding lipid disease states.

บรรณานุกรม :
Intawat Nookaew , Michael C. Jewett , Asawin Meechai , Chinae Thammarongtham , Kobkul Laoteng , Supaporn Cheevadhanarak , Jens Nielsen , Sakarindr Bhumiratana , อินทวัฒน์ หนูแก้ว , อัศวิน มีชัย , ชิเน ธำมรงค์ธรรม , สุภาภรณ์ ชีวะธนรักษ์ , ศักรินทร์ ภูมิรัตน . (2551). The genome-scale metabolic model iIN800 of Saccharomyces cerevisiae and its validation: a scaffold to query lipid metabolism.
    ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ.
Intawat Nookaew , Michael C. Jewett , Asawin Meechai , Chinae Thammarongtham , Kobkul Laoteng , Supaporn Cheevadhanarak , Jens Nielsen , Sakarindr Bhumiratana , อินทวัฒน์ หนูแก้ว , อัศวิน มีชัย , ชิเน ธำมรงค์ธรรม , สุภาภรณ์ ชีวะธนรักษ์ , ศักรินทร์ ภูมิรัตน . 2551. "The genome-scale metabolic model iIN800 of Saccharomyces cerevisiae and its validation: a scaffold to query lipid metabolism".
    ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ.
Intawat Nookaew , Michael C. Jewett , Asawin Meechai , Chinae Thammarongtham , Kobkul Laoteng , Supaporn Cheevadhanarak , Jens Nielsen , Sakarindr Bhumiratana , อินทวัฒน์ หนูแก้ว , อัศวิน มีชัย , ชิเน ธำมรงค์ธรรม , สุภาภรณ์ ชีวะธนรักษ์ , ศักรินทร์ ภูมิรัตน . "The genome-scale metabolic model iIN800 of Saccharomyces cerevisiae and its validation: a scaffold to query lipid metabolism."
    ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ, 2551. Print.
Intawat Nookaew , Michael C. Jewett , Asawin Meechai , Chinae Thammarongtham , Kobkul Laoteng , Supaporn Cheevadhanarak , Jens Nielsen , Sakarindr Bhumiratana , อินทวัฒน์ หนูแก้ว , อัศวิน มีชัย , ชิเน ธำมรงค์ธรรม , สุภาภรณ์ ชีวะธนรักษ์ , ศักรินทร์ ภูมิรัตน . The genome-scale metabolic model iIN800 of Saccharomyces cerevisiae and its validation: a scaffold to query lipid metabolism. ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ; 2551.