ridm@nrct.go.th   ระบบคลังข้อมูลงานวิจัยไทย   รายการโปรดที่คุณเลือกไว้

SSR and EST-SSR-based genetic linkage map of cassava (Manihot esculenta Crantz)

หน่วยงาน สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ

รายละเอียด

ชื่อเรื่อง : SSR and EST-SSR-based genetic linkage map of cassava (Manihot esculenta Crantz)
นักวิจัย : Supajit Sraphet , Athipong Boonchanawiwat , Thanwanit Thanyasiriwat , Opas Boonseng , Satoshi Tabata , Shigemi Sasamoto , Kenta Shirasawa , Sachiko Isobe , David A Lightfoot , Sithichoke Tangphatsornruang , Kanokporn Triwitayakorn , ศุภจิต สระเพช , อธิพงษ์ บุญชนะวิวัฒน์ , สิทธิโชค ตั้งภัสสรเรือง
คำค้น : Cassava SSR and EST-SSR genetic linkage map , Plant genetics , ศูนย์พันธุวิศวกรรมและเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ
หน่วยงาน : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ
ผู้ร่วมงาน : -
ปีพิมพ์ : 2554
อ้างอิง : http://www.nstda.or.th/thairesearch/node/13651
ที่มา : -
ความเชี่ยวชาญ : -
ความสัมพันธ์ : -
ขอบเขตของเนื้อหา : -
บทคัดย่อ/คำอธิบาย :

Simple sequence repeat (SSR) markers provide a powerful tool for genetic linkage map construction that can be applied for identification of quantitative trait loci (QTL). In this study, a total of 640 new SSR markers were developed from an enriched genomic DNA library of the cassava variety 'Huay Bong 60' and 1,500 novel expressed sequence tag-simple sequence repeat (EST-SSR) loci were developed from the Genbank database. To construct a genetic linkage map of cassava, a 100 F(1) line mapping population was developed from the cross Huay Bong 60 by 'Hanatee'. Polymorphism screening between the parental lines revealed that 199 SSRs and 168 EST-SSRs were identified as novel polymorphic markers. Combining with previously developed SSRs, we report a linkage map consisted of 510 markers encompassing 1,420.3 cM, distributed on 23 linkage groups with a mean distance between markers of 4.54 cM. Comparison analysis of the SSR order on the cassava linkage map and the cassava genome sequences allowed us to locate 284 scaffolds on the genetic map. Although the number of linkage groups reported here revealed that this F(1) genetic linkage map is not yet a saturated map, it encompassed around 88% of the cassava genome indicating that the map was almost complete. Therefore, sufficient markers now exist to encompass most of the genomes and efficiently map traits in cassava.

บรรณานุกรม :
Supajit Sraphet , Athipong Boonchanawiwat , Thanwanit Thanyasiriwat , Opas Boonseng , Satoshi Tabata , Shigemi Sasamoto , Kenta Shirasawa , Sachiko Isobe , David A Lightfoot , Sithichoke Tangphatsornruang , Kanokporn Triwitayakorn , ศุภจิต สระเพช , อธิพงษ์ บุญชนะวิวัฒน์ , สิทธิโชค ตั้งภัสสรเรือง . (2554). SSR and EST-SSR-based genetic linkage map of cassava (Manihot esculenta Crantz).
    ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ.
Supajit Sraphet , Athipong Boonchanawiwat , Thanwanit Thanyasiriwat , Opas Boonseng , Satoshi Tabata , Shigemi Sasamoto , Kenta Shirasawa , Sachiko Isobe , David A Lightfoot , Sithichoke Tangphatsornruang , Kanokporn Triwitayakorn , ศุภจิต สระเพช , อธิพงษ์ บุญชนะวิวัฒน์ , สิทธิโชค ตั้งภัสสรเรือง . 2554. "SSR and EST-SSR-based genetic linkage map of cassava (Manihot esculenta Crantz)".
    ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ.
Supajit Sraphet , Athipong Boonchanawiwat , Thanwanit Thanyasiriwat , Opas Boonseng , Satoshi Tabata , Shigemi Sasamoto , Kenta Shirasawa , Sachiko Isobe , David A Lightfoot , Sithichoke Tangphatsornruang , Kanokporn Triwitayakorn , ศุภจิต สระเพช , อธิพงษ์ บุญชนะวิวัฒน์ , สิทธิโชค ตั้งภัสสรเรือง . "SSR and EST-SSR-based genetic linkage map of cassava (Manihot esculenta Crantz)."
    ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ, 2554. Print.
Supajit Sraphet , Athipong Boonchanawiwat , Thanwanit Thanyasiriwat , Opas Boonseng , Satoshi Tabata , Shigemi Sasamoto , Kenta Shirasawa , Sachiko Isobe , David A Lightfoot , Sithichoke Tangphatsornruang , Kanokporn Triwitayakorn , ศุภจิต สระเพช , อธิพงษ์ บุญชนะวิวัฒน์ , สิทธิโชค ตั้งภัสสรเรือง . SSR and EST-SSR-based genetic linkage map of cassava (Manihot esculenta Crantz). ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ; 2554.