ridm@nrct.go.th   ระบบคลังข้อมูลงานวิจัยไทย   รายการโปรดที่คุณเลือกไว้

การทำแผนที่ยีนลักษณะปริมาณ (QTLs) ของลักษณะผลผลิตน้ำตาลของอ้อยไทยโดยใช้เครื่องหมายโมเลกุล AFLP และ SSR

หน่วยงาน สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ

รายละเอียด

ชื่อเรื่อง : การทำแผนที่ยีนลักษณะปริมาณ (QTLs) ของลักษณะผลผลิตน้ำตาลของอ้อยไทยโดยใช้เครื่องหมายโมเลกุล AFLP และ SSR
นักวิจัย : กิตติพัฒน์ อุโฆษกิจ , Kittipat Ukoskit
คำค้น : Biological sciences , BT-B-01-PG-13-4712 , Plant biotechnology , Plant biotechnology and related agricultural science , Quantitative Trait Loci , Sugar , Sugarcane , การปรับปรุงพันธุ์ , น้ำตาล , พันธุกรรม , ศูนย์พันธุวิศวกรรมและเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ , สาขาเกษตรศาสตร์และชีววิทยา , อ้อย , เครื่องหมายโมเลกุล , แผนที่ยีนลักษณะปริมาณ
หน่วยงาน : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ
ผู้ร่วมงาน : -
ปีพิมพ์ : 2550
อ้างอิง : http://www.nstda.or.th/thairesearch/node/1609
ที่มา : -
ความเชี่ยวชาญ : -
ความสัมพันธ์ : -
ขอบเขตของเนื้อหา : -
บทคัดย่อ/คำอธิบาย :

แผนที่พันธุกรรมอ้อยสร้างจากประชากรลูกผสม F1 จำนวน 283 สายพันธุ์ที่ได้จากการผสมข้ามสปีชีส์ระหว่างอ้อยพันธุปรับปรุง Phil6607 และอ้อยสายพันธุ์ป่า Saccharum spontaneum พันุ์ S6 โดยใช้เครื่องหมายโมเลกุล 3 ชนิดคือ 1) เครื่องหมาย fluorescent-amplified fragment length polymorphism (f-AFLP) จำนวน 35 คู่ไพรเมอร์ 2) เครื่องหมาย simple sequence repeat (SSR) จำนวน 10 คู่ไพรเมอร์ และ 3) เครื่องหมายจำเพาะต่อยีน sucrose synthase (SuS) จำนวนเครื่องหมายทั้งหมดที่มีการกระจายตัวในประชากรลูกผสมมีจำนวน 901 เครื่องหมาย แบ่งเป็นเครื่องหมาย single dose ซึ่งมีอัตราส่วนการกระจายตัวของเครื่องหมายแบบการผสมทดสอบ คือ 1:1 จำนวน 641 เครื่องหมาย เครื่องหมาย double single dose ซึ่งมีอัตราส่วนการกระจายตัวของเครื่องหมายที่เกิดจากการผสมตัวเองของจีโน ไทป์เฮเทอโรไซกัส คือ 3:1 จำนวน 60 เครื่องหมาย และเครื่องหมาย double dose ซึ่งเป็นอัตราส่วนการกระจายตัวของเครื่องหมาย duplex ในออโตออกตาพลอย ในการสร้างแผนที่หลักใช้เครื่องหมาย single dose และ double single dose โดยใช้ค่าคะแนน LOD มากกว่า 4 ค่า recombination fraction เท่ากับ 0.4 คำนวณระยะห่างระหว่างเครื่องหมายด้วยฟังก์ชั่น Kosambi แผนที่หลักที่สร้างได้มีจำนวน 70 ลิงเกจ ประกอบด้วยเครื่องหมายจำนวน 230 เครื่องหมาย มีเครื่องหมาย f-AFLP จำนวน 211 เครื่องหมาย, เครื่องหมาย SSR จำนวน 16 เครื่องหมาย SuS จำนวน 3 เครื่องหมาย รวมความยาวกลุ่มลิงเกจทั้งหมด 3604.6 cM ความยาวของกลุ่มลิงเกจมีความยาวตั้งแต่ 15.7 cM ถึง 137.8 cM มีระยะห่างเฉลี่ยระหว่างเครื่องหมายเท่ากับ 22.5 cM แผนที่ที่สร้างได้คาดว่าจะครอบคลุมประมาณ 54.4% ของทั้งจีโนม ในการวิเคราะห์กลุ่มโฮโมโลกัสลิงเกจ ใช้การทำแผนที่เครื่องหมาย double dose และใช้เครื่องหมายที่จำเพาะต่อโลกัสคือ เครื่องหมาย SSR และเครื่องหมาย SuS จากกลุ่มลิงเกจทั้งหมด 70 ลิงเกจ มี 17 ลิงเกจที่สามารถวิเคราะห์กลุ่มโฮโมโลกัสลิงเกจได้ 6 กลุ่มโฮโมโลกัสลิงเกจ 2 กลุ่มโฮโมโลกัสลิงเกจคาดว่าน่าจะมาจาก S. officinarum กลุ่มโฮโมโลกัสลิงเกจอีกกลุ่มหนึ่งมีโครโมโซมบางส่วนมาจาก S. officinarum และมีบางส่วนมาจาก S. spontaneum มีหลักฐานการเกิดการเพิ่มชิ้นส่วนโครโมโซม เนื่องจากพบว่า ลิงเกจที่เกิดจากเครื่องหมาย SSR หรือ SuS ที่เกิดจากไพรเมอร์คู่เดียวกันลิงค์กันภายในกลุ่มลิงเกจเดียวกัน แผนที่พันธุกรรมที่สร้างได้จากการทดลองนี้ ได้ถูกนำไปใช้ในการวิเคราะห์ QTLs ในการทดลองต่อไป ลูกผสม F1 จำนวน 283 สายพันธุ์ที่เกิดจากการผสมข้ามสปีชีส์ระหว่างอ้อยปรับปรุงพันธุ์ Phil6607 กับอ้อยสายพันธุ์ป่า S. spontaneum พันธุ์ S6 ลูกผสมทั้งหมดถูกนำไปประเมิน เพื่อเปรียบเทียบลักษณะที่สัมพันธ์กับองค์ประกอบผลผลิต 6 ลักษณะ คือเส้นผ่านศูนย์กลางลำ (STKDIA), จำนวนลำต่อกอ (STKNO), น้ำหนัก 1 ลำ (STKWT), ความสูง (STKHT), ความยาวปล้อง (INTLH) และผลผลิตตอแปลงย่อย (CYLD) และลักษณะที่สัมพันธ์กับความหวาน 5 ลักษณะ คือ ปริมาณเส้นใย (FIBER), ความบริสุทธิ์ (PURITY), บริกซ์ (BRIX), โพล (POL) และซีซีเอส (CCS) จำนวนเครื่องหมายที่ใช้ในการวิเคราะห์ QTLs ประกอบด้วยเครื่องหมาย single dose, double single dose และ double dose จำนวน 641, 60 และ 200 เครื่องหมายตามลำดับ การวิเคราะห์ QTLs ใช้วิธี single marker โดยการวิเคราะห์ one-way ANOVA ใช้ระดับความมีนัยสำคัญ P < 0.005 ในการตรวจสอบ QTLs ผลการวิเคราะห์ QTLs ของลักษณะที่สัมพันธ์กับองค์ประกอบของผลผลิต ค้นพบเครื่องหมายที่สัมพันธ์กับ QTLs ทั้งหมดจำนวน 79 เครื่องหมาย เครื่องหมายที่สำมพันธ์กับแต่ละ QTL มีอิทธิพลต่อความแปรปรวนฟีโนไทป์ 3-7 % และมีเครื่องหมายจำนวน 20 เครื่องหมาย ที่สัมพันธ์กับ QTLs มากกว่า 1 ลักษณะ อิทธิพลโดยรวมของเครื่องหมายทุกเครื่องหมายที่สัมพันธ์กับลักษณะแต่ละลักษณะ ที่มีต่อความแปรปรวนฟีโนไทป์ มีค่าระหว่าง 8.9-34.1 % ขึ้นกับลักษณะแต่ละลักษณะ มีเครื่องหมาย single dose จำนวน 29 เครื่องหมาย ที่สัมพันธ์กับ QTLs ที่สามารถวิเคราะห์กลุ่มลิงเกจได้ เครื่องหมายที่สัมพันธ์กับ QTLs ของหลายลักษณะมีตำแหน่งในกลุ่มลิงเกจที่อยู่ในกลุ่มโฮโมโลกัสลิงเกจเดียวกัน ชี้ให้เห็นว่าเป็น QTL ของยีนเดียวกัน แต่มีแอลลีลต่างกันมีตำแหน่งอยู่กันคนละโฮโมโลกัสโครโมโซม ในจำนวนความสัมพันธ์ 75 ความสัมพันธ์ที่พบระหว่างลักษณ์ 5 ลักษณะที่สัมพันธ์กับความหวานกับเครื่องหมายดีเอ็นเอ พบว่ามีเครื่องหมายจำนวน 47 เครื่องหมาย ที่มีความสัมพันธ์กับ QTLs ในจำนวนนี้มี 19 เครื่องหมายที่สัมพันธ์กับลักษณะมากกว่าหนึ่งลักษณะ เครื่องหมายแต่เครื่องหมายที่สัมพันธ์กับ QTLs มีอิทธิพลต่อความแปรปรวนฟีโนไทป์ 3-6 % เมื่อพิจารณาอิทธิพลโดยรวมของเครื่องหมายทุกเครื่องหมายที่สัมพันธ์กับ QTL ของแต่ละลักษณะ ที่มีอิทธิพลต่อความแปรปรวนของฟีโนไทป์มีค่า R2 เท่ากับ 10-41% ขึ้นกับลักษณะแต่ละลักษณะ มีเครื่องหมาย single dose 9 เครื่องหมายที่แสดงความสัมพันธ์กับ QTLs ที่สามารถวิเคราะห์ลิงเกจได้ แต่มีตำแหน่งกระจายในแผนที่ ชี้ให้เห็นถึงการมี QTLs จำนวนมาก แต่ละ QTL มีอิทธิพลเพียงเล็กน้อย จากการวิเคราะห์ความสัมพันธ์ของลักษณะ BRIX, POL, และ CCS กับจำนวน QTLs ที่แสดงทางบวกและทางลบ ในลูกผสม F1 ทั้งหมด พบว่ากรณีส่วนใหญ่ ความถี่แอลลีลของ QTL ที่แสดงผลทางบวกเพิ่มขึ้นเมื่อค่า BRIX, POL, และ CCS มีค่าเพิ่มขึ้น ขณะที่ความถี่แอลลีลของ QTL ที่แสดงผลทางลบมีค่าลดลง ผลการทดลองนี้จะนำไปประยุกต์ใช้ต่อไปในการปรับปรุงพันธุ์อ้อยโดยใช้เครื่อง หมายโมเลกุล

บรรณานุกรม :
กิตติพัฒน์ อุโฆษกิจ , Kittipat Ukoskit . (2550). การทำแผนที่ยีนลักษณะปริมาณ (QTLs) ของลักษณะผลผลิตน้ำตาลของอ้อยไทยโดยใช้เครื่องหมายโมเลกุล AFLP และ SSR.
    ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ.
กิตติพัฒน์ อุโฆษกิจ , Kittipat Ukoskit . 2550. "การทำแผนที่ยีนลักษณะปริมาณ (QTLs) ของลักษณะผลผลิตน้ำตาลของอ้อยไทยโดยใช้เครื่องหมายโมเลกุล AFLP และ SSR".
    ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ.
กิตติพัฒน์ อุโฆษกิจ , Kittipat Ukoskit . "การทำแผนที่ยีนลักษณะปริมาณ (QTLs) ของลักษณะผลผลิตน้ำตาลของอ้อยไทยโดยใช้เครื่องหมายโมเลกุล AFLP และ SSR."
    ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ, 2550. Print.
กิตติพัฒน์ อุโฆษกิจ , Kittipat Ukoskit . การทำแผนที่ยีนลักษณะปริมาณ (QTLs) ของลักษณะผลผลิตน้ำตาลของอ้อยไทยโดยใช้เครื่องหมายโมเลกุล AFLP และ SSR. ปทุมธานี : สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ; 2550.