ridm@nrct.go.th   ระบบคลังข้อมูลงานวิจัยไทย   รายการโปรดที่คุณเลือกไว้

ฐานข้อมูลรหัสพันธุกรรมของเชื้อไข้หวัดนก (H5N1) ในประเทศไทย

หน่วยงาน สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย

รายละเอียด

ชื่อเรื่อง : ฐานข้อมูลรหัสพันธุกรรมของเชื้อไข้หวัดนก (H5N1) ในประเทศไทย
นักวิจัย : อลงกร อมรศิลป์
คำค้น : ฐานข้อมูล , ไข้หวัดนก
หน่วยงาน : สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย
ผู้ร่วมงาน : -
ปีพิมพ์ : 2552
อ้างอิง : http://elibrary.trf.or.th/project_content.asp?PJID=RDG4920029 , http://research.trf.or.th/node/2999
ที่มา : -
ความเชี่ยวชาญ : -
ความสัมพันธ์ : -
ขอบเขตของเนื้อหา : -
บทคัดย่อ/คำอธิบาย :

เชื้อไข้หวัดนกสายพันธุ์ H5N1 เป็นเชื้อไวรัสที่เป็นสาเหตุของโรคไข้หวัดนกในสัตว์ปีกและสัตว์ เลี้ยงลูกด้วยนมหลายชนิด การวิจัยครั้งนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อรวบรวม วิเคราะห์ สร้างฐานข้อมูล และ เผยแพร่ข้อมูลรหัสพันธุกรรมของเชื้อไข้หวัดนก H5N1 ในประเทศไทย เพื่อเฝ้าระวังการเปลี่ยนแปลง หรือการกลายพันธุ์ของเชื้อไวรัส การดำเนินการวิจัยมี 3 ระยะประกอบด้วย ระยะที่ 1 รวบรวมข้อมูล รหัสพันธุกรรมของเชื้อไข้หวัดนกในประเทศไทย ระยะที่ 2 วิเคราะห์ข้อมูลรหัสพันธุกรรมในบริเวณ ที่สำคัญหรือเป็นคุณสมบัติจำเพาะในแต่ละยีนของเชื้อ ระยะที่ 3 สร้างฐานข้อมูลและเผยแพร่ข้อมูล และองค์ความรู้ในรูปของเทคโนโลยีสารสนเทศ เพื่อเฝ้าระวังการเปลี่ยนแปลงหรือการกลายพันธุ์ของ เชื้อไข้หวัดนกในประเทศไทยและภูมิภาคใกล้เคียง ผลการวิจัยได้รวบรวมข้อมูลรหัสพันธุกรรมของ เชื้อไข้หวัดนกในประเทศไทยจำนวน 148 ตัวอย่าง และพบว่าเชื้อไข้หวัดนกในประเทศไทยมี connective peptide sequences เป็น multiple basic amino acid ซึ่งถือได้ว่าเป็น Highly Pathogenic Avian Influenza (HPAI) และมี receptor binding site ซึ่งเหมาะกับการเกาะจับกับ receptor ชนิด SA-a-2,3 Gal ซึ่งเป็นตัวรับที่พบมากในสัตว์ปีก นอกจากนี้ผลจากวิวัฒนาการและการ ปรับตัวของเชื้อไวรัสพบว่า เชื้อไข้หวัดนกทุกตัวอย่างในประเทศไทยมีกรดอะมิโนจำนวน 20 ตัว ลดลงใน NA stalk region และพบว่าเชื้อไข้หวัดนกทุกตัวอย่างไม่มีเปลี่ยนแปลงของกรดอะมิโนที่ดื้อ ต่อยาต้านไวรัส Oseltamivir ในโปรตีน NA แต่มีกรดอะมิโนที่มีคุณสมบัติที่ดื้อต่อยาต้านไวรัส amantadine ในโปรตีน M2 เชื้อไข้หวัดนกในประเทศไทยส่วนใหญ่มีกรดอะมิโนที่ตำแหน่ง c- terminal เป็น PDZ binding motif (ESEV) ซึ่งแสดงถึงความรุนแรงของเชื้อในสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม นอกจากนี้เชื้อไข้หวัดนกที่แยกได้ในคนและสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมยังมี virulence determinant ที่สำคัญ คือ กรดอะมิโน Lysine ที่โปรตีน PB2-627 ผลการวิเคราะห์ข้อมูลรหัสพันธุกรรมยังพบว่าเชื้อไข้หวัด นกในประเทศไทยส่วนใหญ่มีกรดอะมิโนที่เป็นลักษณะร่วมของเชื้อไวรัสในสัตว์ปีกและเชื้อไวรัสในคน จุดเด่นของการวิจัยครั้งนี้ คือได้แสดงผลการสร้างฐานข้อมูลและการวิเคราะห์ข้อมูลรหัสพันธุกรรม ของเชื้อไข้หวัดนกในประเทศไทยผ่านทางเทคโนโลยีสารสนเทศที่ http://www.thai.ai.database.org โดยได้จัดทำฐานข้อมูลทั้งในรูปแบบของภาษาไทยและภาษาอังกฤษ ซึ่งมีประโยชน์ในแง่ของการ เผยแพร่ข้อมูลและการเฝ้าระวังการเปลี่ยนแปลงหรือการกลายพันธุ์ของเชื้อไข้หวัดนกที่ได้จากการ วิจัย ซึ่งจะเป็นแหล่งข้อมูลที่สำคัญต่อนักวิทยาศาสตร์และประชาชนทั่วไป Influenza A virus subtype H5N1 causes Avian Influenza (AI) in several avian species and mammals. The goal of this study was to establish the sequence database of HPAI (H5N1) viruses in Thailand. In order to establish the database, we conducted the study into 3 phases. Phase 1: Collection of the available HPAI sequences of the isolates from Thailand. Phase 2: Analysis of the significant polymorphisms and specific characteristic of each gene Phase 3: Establishment of a comprehensive web-based HPAI database for Thailand. Our results showed that 148 AI isolates from Thailand were included in the study and identified as highly pathogenic avian influenza (HPAI). All viruses had multiple basic amino acids at HA cleavage site. Amino acids at receptor binding site were 222Q and 224G, indicating preferential binding to avian host receptor, SA-a-2,3 Gal. Most of the viruses contained 20 amino acid deletions at NA stalk region, which relate to the adaptation of the viruses. No evidence of Oseltamivir resistant amino acids in NA gene was found in any 148 AI viruses. However, amantadine resistant amino acids in M2 gene were found in most of AI isolates. Most AI viruses contained PDZ binding motif (ESEV) in NS1, indicating high virulence of the viruses in mammals. Moreover, PB2 analysis identified lysine (K) in PB2627 of all AI viruses from mammal species. Our analysis also indicated that AI viruses in Thailand contained both human and avian like amino acids. In addition, the sequence database and genetic monitoring established in this study were published in the web page (http://www.thai-ai-database.org). In summary, this study provided the database of nucleotide sequences of AI isolates and the result of genetic monitoring in all 8 genes of the viruses. The established database will be very useful for both scientific communities and general public.

บรรณานุกรม :
อลงกร อมรศิลป์ . (2552). ฐานข้อมูลรหัสพันธุกรรมของเชื้อไข้หวัดนก (H5N1) ในประเทศไทย.
    กรุงเทพมหานคร : สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย.
อลงกร อมรศิลป์ . 2552. "ฐานข้อมูลรหัสพันธุกรรมของเชื้อไข้หวัดนก (H5N1) ในประเทศไทย".
    กรุงเทพมหานคร : สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย.
อลงกร อมรศิลป์ . "ฐานข้อมูลรหัสพันธุกรรมของเชื้อไข้หวัดนก (H5N1) ในประเทศไทย."
    กรุงเทพมหานคร : สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย, 2552. Print.
อลงกร อมรศิลป์ . ฐานข้อมูลรหัสพันธุกรรมของเชื้อไข้หวัดนก (H5N1) ในประเทศไทย. กรุงเทพมหานคร : สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย; 2552.