ridm@nrct.go.th   ระบบคลังข้อมูลงานวิจัยไทย   รายการโปรดที่คุณเลือกไว้

Novel expressed sequence tag- simple sequence repeats (EST-SSR) markers characterized by new bioinformatic criteria reveal high genetic similarity in sugarcane (Saccharum spp.) breeding lines

หน่วยงาน สถาบันวิจัยและให้คำปรึกษาแห่ง มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์

รายละเอียด

ชื่อเรื่อง : Novel expressed sequence tag- simple sequence repeats (EST-SSR) markers characterized by new bioinformatic criteria reveal high genetic similarity in sugarcane (Saccharum spp.) breeding lines
นักวิจัย : Kittipat Ukoskit , Penjun Thipmongkolcharoen , Prasert Chatwachirawong
คำค้น : Expressed sequence tag- simple sequence repeats , EST-SSRS markers , Genetic similarity , Sugarcane , Saccharum , Saccharum officinarum complex , Saccharum spontaneum , Tetra
หน่วยงาน : สถาบันวิจัยและให้คำปรึกษาแห่ง มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์
ผู้ร่วมงาน : -
ปีพิมพ์ : 2555
อ้างอิง : African journal of biotechnology. 11,6 (2012) pp. 1337-1363 , 1684-5315 , http://dspace.library.tu.ac.th/handle/3517/6541
ที่มา : -
ความเชี่ยวชาญ : -
ความสัมพันธ์ : -
ขอบเขตของเนื้อหา : -
บทคัดย่อ/คำอธิบาย :

Using different bioinformatic criteria, the SUCEST database was used to mine for simple sequence repeat (SSR) markers. Among 42,189 clusters, 1,425 expressed sequence tag- simple sequence repeats (EST-SSRs) were identified in silico. Trinucleotide repeats were the most abundant SSRs detected. Of 212 primer pairs selected, based on repeat patterns of n≥8 for di-, tri-, tetra- and penta-nucleotide repeat motifs verified using 15 sugarcane (Saccharum spp.) genotypes and marker segregation using F1 progenies of a cultivated sugarcane and Saccharum spontaneum, 191 loci were identified. All new ESTSSR loci detected a total of 1,529 markers ranging from 2 to 21 markers per locus, with an average of eight markers per locus. Observed polymorphism ranged from 0.12 to 0.93 with a mean of 0.74. A total of 426 and 333 markers were putatively identified as simplex in the cultivated sugarcane and S. spontaneum, respectively and corresponding to 2.23 and 1.74 markers per primer, respectively while 167 markers were identified as double-simplex markers, with 0.87 markers per primer. Cluster analysis revealed a high genetic similarity among the sugarcane (Saccharum spp.) breeding lines which could reduce the genetic gain in sugarcane breeding. © 2012 Academic Journals.

บรรณานุกรม :
Kittipat Ukoskit , Penjun Thipmongkolcharoen , Prasert Chatwachirawong . (2555). Novel expressed sequence tag- simple sequence repeats (EST-SSR) markers characterized by new bioinformatic criteria reveal high genetic similarity in sugarcane (Saccharum spp.) breeding lines.
    กรุงเทพมหานคร : สถาบันวิจัยและให้คำปรึกษาแห่ง มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ .
Kittipat Ukoskit , Penjun Thipmongkolcharoen , Prasert Chatwachirawong . 2555. "Novel expressed sequence tag- simple sequence repeats (EST-SSR) markers characterized by new bioinformatic criteria reveal high genetic similarity in sugarcane (Saccharum spp.) breeding lines".
    กรุงเทพมหานคร : สถาบันวิจัยและให้คำปรึกษาแห่ง มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ .
Kittipat Ukoskit , Penjun Thipmongkolcharoen , Prasert Chatwachirawong . "Novel expressed sequence tag- simple sequence repeats (EST-SSR) markers characterized by new bioinformatic criteria reveal high genetic similarity in sugarcane (Saccharum spp.) breeding lines."
    กรุงเทพมหานคร : สถาบันวิจัยและให้คำปรึกษาแห่ง มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ , 2555. Print.
Kittipat Ukoskit , Penjun Thipmongkolcharoen , Prasert Chatwachirawong . Novel expressed sequence tag- simple sequence repeats (EST-SSR) markers characterized by new bioinformatic criteria reveal high genetic similarity in sugarcane (Saccharum spp.) breeding lines. กรุงเทพมหานคร : สถาบันวิจัยและให้คำปรึกษาแห่ง มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ; 2555.