ridm@nrct.go.th   ระบบคลังข้อมูลงานวิจัยไทย   รายการโปรดที่คุณเลือกไว้

การศึกษาความแตกต่างแปรผันทางพันธุกรรมในประชากรกุ้งกุลาดำโดยการตรวจลายพิมพ์ดีเอ็นเอด้วยตัวตรวจสอบที่มีลำดับเบสซ้ำแบบง่าย

หน่วยงาน สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย

รายละเอียด

ชื่อเรื่อง : การศึกษาความแตกต่างแปรผันทางพันธุกรรมในประชากรกุ้งกุลาดำโดยการตรวจลายพิมพ์ดีเอ็นเอด้วยตัวตรวจสอบที่มีลำดับเบสซ้ำแบบง่าย
นักวิจัย : อัญชลี ทัศนาขจร
คำค้น : -
หน่วยงาน : สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย
ผู้ร่วมงาน : -
ปีพิมพ์ : 2541
อ้างอิง : http://elibrary.trf.or.th/project_content.asp?PJID=RSA3780014 , http://research.trf.or.th/node/1512
ที่มา : -
ความเชี่ยวชาญ : -
ความสัมพันธ์ : -
ขอบเขตของเนื้อหา : -
บทคัดย่อ/คำอธิบาย :

ในการศึกษาความแตกต่างแปรผันทางพันธุกรรมในประชากรกุ้งกุลาดำ ได้ทดสอบวิธีการ ตรวจลายพิมพ์ดีเอ็นเอในกุ้งกุลาดำและได้เลือก 2 วิธี เพื่อใช้ในการศึกษาความแตกต่างแปรผันทาง พันธุกรรม คือ 1. การตรวจลายพิมพ์ดีเอ็นเอ โดยเทคนิค RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA analysis) และ 2. การตรวจความแปรผันของ microsatellites DNA ในการ ศึกษานี้ได้เก็บตัวอย่าง กุ้งจากแหล่งที่นิยมใช้เป็นพ่อ-แม่พันธุ์ในการเพาะเลี้ยงกุ้ง จำนวน 5 แหล่ง โดยเก็บตัวอย่างจากทะเลอันดามัน 3 แหล่ง ได้แก่ กุ้งบริเวณ จ.สตูล-ตรัง กุ้งจากจ.พังงา และ กุ้ง จากเมดาน ประทศ อินโดนีเซีย และเก็บตัวอย่างกุ้งจากฝั่งอ่าวไทย 2 แหล่ง ได้แก่ กุ้งจาก จ.ตราด และ จากจ.ชุมพร โดยแต่ละวิธีได้ผลโดยสรุปดังนี้ การตรวจลายพิมพ์ดีเอ็นเอ โดยเทคนิค RAPD จากการวิเคราะห์ RAPD patterns ของกุ้งทั้ง 5 กลุ่ม พบว่ามีจำนวนแถบดีเอ็นเอที่เกิดจาก RAPD primersทั้ง 7 ตัว รวม 80 แถบ ซึ่งมีขนาดอยู่ในช่วง 200-2000 คู่เบส เมื่อคำนวณค่า เปอร์เซ็นต์ความหลากหลายของแถบดีเอ็นเอ (%polymorphic bands) ในกุ้งแต่ละกลุ่มพบว่ามีค่า ใกล้เคียงกันอยู่ในช่วง 51.5-57.7% ค่า similarity idex ภายในกลุ่มประชากรอยู่ในช่วง 0.86-0.89 โดยตัวอย่างกุ้งจากพังงามีค่า similarity ภายในกลุ่มประชากรสูงสุด จากค่า similarlity index ระหว่างกลุ่มประชากร เมื่อนำมาคำนวณค่า genetic distance และ สร้าง dendrogram พบว่าตัว อย่างกุ้งกุลาดำจากเมดานมีลักษณะทางพันธุกรรมแตกต่างจากกุ้งของประเทศไทย (Dij=14.976%) และภายในกลุ่มตัวอย่างของกุ้งจากประเทศไทยด้วยกัน สามารถแยกกุ้งสตูล-ตรังออกจากกลุ่มตัว อย่างที่เหลือ (Dij=2.632%) ลายพิมพ์ดีเอ็นเอจากตัวอย่างกุ้งทั้ง 5 กลุ่ม มีลักษณะที่แตกต่างกันทั้ง สิ้น 252 แบบ เมื่อนำมาวิเคราะห์ความแตกต่างโดยใช้ไคสแคว์ (chi-square analysis) และเปรียบ เทียบระหว่างตัว อย่างกุ้งจากเมดานกับกลุ่มตัวอย่างของประเทศไทย และระหว่างกลุ่มตัวอย่างของ ประเทศไทยจากทะเล อันดามันและอ่าวไทย พบว่ามีความแตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญ (P<0.0001 และ P=0.0000-0.0387 ตามลำดับ) การตรวจความแปรผันของ microsatellites DNA สามารถแยก microsatellite clones จาก partial genomic library ของกุ้งกุลาดำได้ และ จากการหาลำดับนิวคลีโอไทด์ของ microsatellite clones พบว่ามีลำดับเบสซ้ำเป็นแบบ (GT)n จำนวน 97 clones, (CT)n จำนวน 16 clones และเป็น microsatellites ชนิด perfect, imperfect และ compound ในสัดส่วน 24, 53, และ 23% ตามลำดับ แสดงว่า microsatellites ในกุ้งกุลาดำ ส่วนใหญ่ เป็นชนิด imperfect นอกจากนี้ยังพบว่าจำนวน repeat ในแต่ละ clone มีความยาวตั้งแต่ 6 repeats จนถึงมากกว่า 100 repeats โดยจำนวน repeat ที่พบมากที่สุดอยู่ในช่วง 30-35 repeats จากลำดับ นิวคลีโอไทด์บริเวณ flanking regions ของ microsatellite clones นำมาออกแบบ PCR primers เพื่อตรวจความแปรผันของ microsatellite loci พบว่ามี 4 loci ที่ให้ PCR product ตามที่ คาดไว้ และ สามารถ score allele ได้ คือ CUPmo 18, CUPmo386, CUPmo131 และ CUPmo 195 เมื่อทำการ ทดสอบความแปรผันของ microsatellite loci เหล่านี้ โดยนำไปตรวจตัวอย่างกุ้ง จากธรรมชาติ พบว่าทุก loci มีความแปรผันสูง คือมีจำนวน alleles ที่พบในแต่ละ locus อยู่ในช่วง 14-28 alleles เมื่อนำ ไปตรวจความแปรผันทางพันธุกรรมในตัวอย่างกุ้ง 4 กลุ่ม คือ สตูล ตรัง พังงา และชุมพร โดยการตรวจ ความแปรผันที่ตำแหน่ง CUPmo18 locus พบว่ากุ้งจากทะเลอันดา มัน คือ สตูล ตรัง และพังงา มีความ แตกต่างอย่างมีนัยสำคัญ (P<0.05) กับกุ้งจากอ่าวไทย คือ กุ้ง ชุมพร Two molecular methods, the Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) analysis and the microsatellite technique, were used in determining geneic variations in wild populations of the black tiger shrimps, Penaeus monodon, Fabricius. Specimens were collected from 5 geographically separated locations of P. monodon consisted of Satun- Trang, Phangnga, and Medan in the Andaman Sea and Chumphon and Trad in the Gulf of Thailand. In the RAPD analysis using 7 arbitrarily selected primers, the percentages of polymorphic bands of 5 geographic populations investigated varied from 51.5-57.7%. The average similarity index within populations across all primers ranged from 0.86-0.89. The Phangnga P. monodon showed the highest level of within population similarity whereas the remaining populations showed slightly lower similarity index. The genetic distance between populations and UPGMA dendrograms indicated that the medan population was genetically different from Thai P.monodon. (Dij=14.976%). Within Thailand, the Satun-Trang P. monodon was separated from the remaining geographic populations with a genetic distance of 2.632%. RAPD analysis yielded a total of 252 genotypes. A Monte Carlo analysis illustrated geographic heterogeneity in genotype frequencies within this species suggesting that genetic population structure does exist in this taxon (P<0.001 for all primers). Significant differences in genotype frequencies between Thai and Indonesian(Medan) P. monodon were observed (P<0.0001). Within Thailand, The Andaman Sea P. monodon was significantly different from that of the Gulf of Thaialnd indicating population differentiation between P. monodon from these two main fishery regions of Thailand. In the microsatellite technique, Ninety-seven (GT)n and 16 (CT)n microsatellites were isolated from the partial genomic library of P. monodon. The microsatellites sequences were classified into three categories, perfect, imperfect and compound. The predominant categories found in P. monodon microsatellites are imperfect repeats for both (GT)n and (CT)n. Very long repeat arrays with the common repeat of 30-35 were found in P. monodon microsatellite clones which resulted in difficulties in primer design. Four microsatellite loci, CUPmo18, CUPmo13, CUPmo195, and CUPmo386, were successfully amplified. The number of alleles of each locus ranged from 14-28 alleles. Genetic diversity among populations of Thai P. monodon were examined at CUPmo 18 locus. Differences in allelic distribution and heterozygosity were observed in all populations. A chi-square analysis using GENEPOP indicated a significant difference between the population of P. monodon from the Andaman Sea and the Gulf of Thailand (P<0.05).

บรรณานุกรม :
อัญชลี ทัศนาขจร . (2541). การศึกษาความแตกต่างแปรผันทางพันธุกรรมในประชากรกุ้งกุลาดำโดยการตรวจลายพิมพ์ดีเอ็นเอด้วยตัวตรวจสอบที่มีลำดับเบสซ้ำแบบง่าย.
    กรุงเทพมหานคร : สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย.
อัญชลี ทัศนาขจร . 2541. "การศึกษาความแตกต่างแปรผันทางพันธุกรรมในประชากรกุ้งกุลาดำโดยการตรวจลายพิมพ์ดีเอ็นเอด้วยตัวตรวจสอบที่มีลำดับเบสซ้ำแบบง่าย".
    กรุงเทพมหานคร : สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย.
อัญชลี ทัศนาขจร . "การศึกษาความแตกต่างแปรผันทางพันธุกรรมในประชากรกุ้งกุลาดำโดยการตรวจลายพิมพ์ดีเอ็นเอด้วยตัวตรวจสอบที่มีลำดับเบสซ้ำแบบง่าย."
    กรุงเทพมหานคร : สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย, 2541. Print.
อัญชลี ทัศนาขจร . การศึกษาความแตกต่างแปรผันทางพันธุกรรมในประชากรกุ้งกุลาดำโดยการตรวจลายพิมพ์ดีเอ็นเอด้วยตัวตรวจสอบที่มีลำดับเบสซ้ำแบบง่าย. กรุงเทพมหานคร : สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย; 2541.