ridm@nrct.go.th   ระบบคลังข้อมูลงานวิจัยไทย   รายการโปรดที่คุณเลือกไว้

An FPGA aligner for short read mapping

หน่วยงาน Nanyang Technological University, Singapore

รายละเอียด

ชื่อเรื่อง : An FPGA aligner for short read mapping
นักวิจัย : Chen, Yupeng , Schmidt, Bertil , Maksell, Douglas L.
คำค้น : DRNTU::Engineering::Computer science and engineering
หน่วยงาน : Nanyang Technological University, Singapore
ผู้ร่วมงาน : -
ปีพิมพ์ : 2555
อ้างอิง : http://hdl.handle.net/10220/13121 , http://dx.doi.org/10.1109/FPL.2012.6339267
ที่มา : -
ความเชี่ยวชาญ : -
ความสัมพันธ์ : -
ขอบเขตของเนื้อหา : -
บทคัดย่อ/คำอธิบาย :

The rapid growth of short read datasets poses a new challenge to the mapping of short reads to a reference genome in terms of sensitivity and execution speed. In this work, we present a parallel architecture for short read mapping utilizing field programmable gate array (FPGA)-based hardware. The computation intensive semi-global alignment and the hash table lookup operations are mapped onto an FPGA. The proposed Align Core is implemented with a parallel block structure to gain computational efficiency. We present a new parallel block-wise alignment structure to approximate the conventional dynamic programming algorithm. The performance of our FPGA aligner is compared to the GASSST and BWA software implementations. In terms of the overall execution time, our FPGA aligner achieves a speedup between 3.4 to 6.7 compared to GASSST with a comparable sensitivity and a speedup between 2.5 to 5.2 compared to BWA at a higher sensitivity.

บรรณานุกรม :
Chen, Yupeng , Schmidt, Bertil , Maksell, Douglas L. . (2555). An FPGA aligner for short read mapping.
    กรุงเทพมหานคร : Nanyang Technological University, Singapore.
Chen, Yupeng , Schmidt, Bertil , Maksell, Douglas L. . 2555. "An FPGA aligner for short read mapping".
    กรุงเทพมหานคร : Nanyang Technological University, Singapore.
Chen, Yupeng , Schmidt, Bertil , Maksell, Douglas L. . "An FPGA aligner for short read mapping."
    กรุงเทพมหานคร : Nanyang Technological University, Singapore, 2555. Print.
Chen, Yupeng , Schmidt, Bertil , Maksell, Douglas L. . An FPGA aligner for short read mapping. กรุงเทพมหานคร : Nanyang Technological University, Singapore; 2555.