ridm@nrct.go.th   ระบบคลังข้อมูลงานวิจัยไทย   รายการโปรดที่คุณเลือกไว้

ระบบการประมวลผลเชิงขนานสำหรับโปรแกรมบลาสท์

หน่วยงาน จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย

รายละเอียด

ชื่อเรื่อง : ระบบการประมวลผลเชิงขนานสำหรับโปรแกรมบลาสท์
นักวิจัย : วรินทร์ วัฒนพรพรหม, 2521-
คำค้น : บลาสท์ (โปรแกรมคอมพิวเตอร์) , พันธุศาสตร์ -- ฐานข้อมูล , การประมวลผลแบบขนาน
หน่วยงาน : จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
ผู้ร่วมงาน : ประภาส จงสถิตย์วัฒนา , ณัฐวุฒิ หนูไพโรจน์ , จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. คณะวิศวกรรมศาสตร์
ปีพิมพ์ : 2545
อ้างอิง : 9741711956 , http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/1379
ที่มา : -
ความเชี่ยวชาญ : -
ความสัมพันธ์ : -
ขอบเขตของเนื้อหา : -
บทคัดย่อ/คำอธิบาย :

วิทยานิพนธ์ (วท.ม.)--จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย, 2545

บลาสท์เป็นโปรแกรมเปรียบเทียบลำดับของโปรตีนที่ใช้กันอย่างแพร่หลายที่สุดโปรแกรมหนึ่ง ซึ่งใช้หาลำดับข้อมูลพันธุกรรมหรือโปรตีนที่ค้นพบใหม่กับนิวคลีโอไทด์หรือกรดอะมิโนที่อยู่ในฐานข้อมูลที่เหมือนกันอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ โดยการเปรียบเทียบดังกล่าวช่วยให้นักวิทยาศาสตร์สามารถอนุมานเกี่ยวกับโครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีนที่ถูกค้นพบ หรือเพื่อเลือกลำดับของโปรตีนใหม่ๆ เพื่อใช้ในการค้นคว้าต่อไป ถึงแม้ว่าโปรแกรมบลาสท์ได้ถูกออกแบบเพื่อความเร็วแล้วก็ตาม จุดอ่อนที่สำคัญที่สุดของโปรแกรมบลาสท์คือ โปรแกรมใช้ทรัพยากรระบบอย่างมากไม่ว่าจะเป็นเวลาของหน่วยประมวลผลกลาง หน่วยความจำ หรือการรับเข้า/ส่งออกของข้อมูล โดยโปรแกรมบลาสท์ใช้เวลานานมากในการเปรียบเทียบข้อคำถามจำนวนมากกับฐานข้อมูลขนาดใหญ่ การศึกษาเบื้องต้นเกี่ยวกับโปรแกรมบลาสท์ชี้ชัดว่า เวลาในการทำงานเป็นสัดส่วนกับขนาดของฐานข้อมูลที่ใช้ในการเปรียบเทียบ โดยโปรแกรมบลาสท์จะมีประสิทธิภาพสูงสุดเมื่อฐานข้อมูลทั้งหมดอยู่ในหน่วยความจำหลักขณะประมวลผล เนื่องจากฐานข้อมูลทางพันธุศาสตร์มีขนาดมหาศาลและจะเพิ่มขนาดขึ้นเป็นสองเท่าในทุกๆ 1.3 ปีเพราะฉะนั้นการปรับปรุงความสามารถของโปรแกรมในหน่วยความจำที่จำกัดจึงเป็นสิ่งที่สำคัญ วิทยานิพนธ์นี้เสนอการตัดแบ่งฐานข้อมูลออกเป็นส่วนเล็กๆ จนอยู่ในหน่วยความจำหลักได้ และทำการเปรียบเทียบลำดับของโปรตีนกับฐานข้อมูลที่ถูกแบ่งด้วยหน่วยย่อยของระบบประมวลผลเชิงขนาน จากนั้นจึงทำการเชื่อมต่อผลลัพธ์ที่ได้จากเปรียบเทียบเข้าด้วยกัน พบว่าระบบที่ได้ทำการพัฒนาขึ้นสามารถขจัดการสับเปลี่ยนค่าข้อมูล จะเห็นได้จากอัตราการเร่งความเร็วในระดับซูเปอร์ลีเนียร์

บรรณานุกรม :
วรินทร์ วัฒนพรพรหม, 2521- . (2545). ระบบการประมวลผลเชิงขนานสำหรับโปรแกรมบลาสท์.
    กรุงเทพมหานคร : จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย.
วรินทร์ วัฒนพรพรหม, 2521- . 2545. "ระบบการประมวลผลเชิงขนานสำหรับโปรแกรมบลาสท์".
    กรุงเทพมหานคร : จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย.
วรินทร์ วัฒนพรพรหม, 2521- . "ระบบการประมวลผลเชิงขนานสำหรับโปรแกรมบลาสท์."
    กรุงเทพมหานคร : จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย, 2545. Print.
วรินทร์ วัฒนพรพรหม, 2521- . ระบบการประมวลผลเชิงขนานสำหรับโปรแกรมบลาสท์. กรุงเทพมหานคร : จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย; 2545.