ridm@nrct.go.th   ระบบคลังข้อมูลงานวิจัยไทย   รายการโปรดที่คุณเลือกไว้

การพัฒนาเครื่องหมายไมโครแซเทลไลต์ไทป์ 1 และการประยุกต์ใช้ในการสร้างแผนที่จีโนมของกุ้งกุลาดำ ~iPenaeus monodon~i

หน่วยงาน ฐานข้อมูลวิทยานิพนธ์ไทย

รายละเอียด

ชื่อเรื่อง : การพัฒนาเครื่องหมายไมโครแซเทลไลต์ไทป์ 1 และการประยุกต์ใช้ในการสร้างแผนที่จีโนมของกุ้งกุลาดำ ~iPenaeus monodon~i
นักวิจัย : เชิดศักดิ์ มณีรัตนรุ่งโรจน์
คำค้น : BLACK TIGER SHRIMP , PENAEUS MONODON , TYPE I MICROSATELLITE , BIOINFORMATICS , GENETIC LINKAGE MAPPING
หน่วยงาน : ฐานข้อมูลวิทยานิพนธ์ไทย
ผู้ร่วมงาน : -
ปีพิมพ์ : 2547
อ้างอิง : http://www.thaithesis.org/detail.php?id=1082547000801
ที่มา : -
ความเชี่ยวชาญ : -
ความสัมพันธ์ : -
ขอบเขตของเนื้อหา : -
บทคัดย่อ/คำอธิบาย :

ไมโครแซเทลไลต์ เป็นเครื่องหมายพันธุกรรมที่มีความหมายสำคัญ และสามารถนำมาประยุกต์ให้เกิดประโยชน์ต่อการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำและการประมง ในการศึกษาครั้งนี้เครื่องหมายไมโครแซเทลไลต์ไทป์ 1 ได้ถูกพัฒนาเพื่อนำมาใช้ในการสร้างแผนที่จีโนมของกุ้งกุลาดำ ~iPenaeus monodon~i โดยการใช้โปรแกรมทางคอมพิวเตอร์เพื่อค้นหาลำดับเบสชนิดไมโครแซเทลไลต์ จากฐานข้อมูล EST ของกุ้งกุลาดำ (http:/pmpnodon.biotec.or.th)ได้ทำการค้นหาจากเบสทั้งหมด 10,100 โคลน พบว่า 1,381 โคลน มีไมโครแซเทลไลต์เป็นองค์ประกอบผลของการจัด cluster พบว่า 513 โคลน สามารถจัดกลุ่มได้ 129 กลุ่ม ส่วนที่เหลืออีก 868 โคลนเป็นโคลนที่ไม่อยู่ในกลุ่ม จากจำนวนทั้งหมด 2,165 ตำแหน่งของไมโครแซเทลไลต์ ถูกจำแนกประเภทออกเป็น 3 กลุ่ม พบว่ากลุ่ม perfect ไมโครแซเทลไลต์ มีจำนวนตำแหน่งสูงสุด (78.1%)ส่วน imperfect และ compound ไมโครแซเทลไลต์พบ 16.7 และ 5.2 เปอร์เซ็นต์ ตามลำดับเบสซ้ำสาม AAT พบมากที่สุดในฐานข้อมูล EST รองลงมาได้แก่เบสซ้ำสอง AT ในการเปรียบเทียบEST clone ทีประกอบด้วยไมโครแซเทลไลต์กับข้อมูลใน GenBank โดยใช้โปรแกรม BLASTX พบว่าผลการเปรียบเทียบตรงกับยีนอื่นที่มีรายงานแล้ว (known gene)11.6% ส่วนที่เป็นยีนของโปรตีนที่ไม่ทราบหน้าที่ (hypothetical protein) 37.3% นอกนั้นเป็น unknown gene 51.1% จากผลการเปรียบเทียบครั้งนี้ทำให้ทราบว่า ไมโครแซเทลไลต์ มักจะอยู่ในบริเวณที่ถูกแปรรหัสเป็นโปรตีน (coding sequence) มากกว่าบริเวณที่ไม่เป็นโปรตีนในช่วง 3'-UTR และ 5'-UTR ทำการออกแบบไพรเมอร์ที่ขนาบข้างไมโครแซเทลไลต์ไป 154 คู่ พบว่าไพรเมอร์ 126 คู่ ให้ผลผลิต PCRและ 50 คู่ จาก 126 คู่นี้พบความหลากหลาย ผลการแสดงลักษณะของความหลากหลายของไมโครแซเทลไลต์50 ตำแหน่งนี้ กับกุ้งจำนวน 35-48 ตัว พบว่าอัลลีลเฉลี่ยเท่ากับ 12.6 อัลลีล polymorphicinformation content (PIC) เฉลี่ยเท่ากับ 0.723 ค่าเฉลี่ยของ observed และ expectedheterozygosity เท่ากับ 0.698 และ 0.759 ตามลำดับ นอกจากนี้ได้นำเครื่องหมายพันธุกรรมทั้งสิ้น 50 ตำแหน่งตรวจสอบพันธุกรรมของครอบครัวกุ้งกุลาดำที่ใช้ในการสร้างแผนที่จีโนมทำการวิเคราะห์ข้อมูลทางสถิติของผลการตรวจสอบทางพันธุกรรมที่ได้ ร่วมกับผลการตรวจสอบพันธุกรรมของเครื่องหมายพันธุกรรม ชนิด AFLPs ไมโครแซเทลไลต์ และเครื่องหมายชนิดอื่นเพื่อวิเคราะห์ตำแหน่งบนแผนที่จีโนมของเครื่องหมายพันธุกรรมทั้ง 50 ตำแหน่งนี้ภายใต้เงื่อนไขค่า LOD ที่ 3.5 และค่า ~i(+,q)~i ที่ 0.30 จากการวิเคราะห์พบว่าเครื่องหมายพันธุกรรมจำนวน 36 ตำแหน่งสามารถรวมเข้าไปอยู่ในแผนที่จีโนมได้ โดยที่ความยาวของแผนที่ของกุ้งเพศผู้ และเพศเมียคือ 1,101 และ 891.4 เซนติมอร์แกนตามลำดับ ระยะห่างเฉลี่ยระหว่างเครื่องหมายของแผนที่กุ้งเพศผู้และเพศเมียคือ 7 และ 8 เซนติมอร์แกนตามลำดับ

บรรณานุกรม :
เชิดศักดิ์ มณีรัตนรุ่งโรจน์ . (2547). การพัฒนาเครื่องหมายไมโครแซเทลไลต์ไทป์ 1 และการประยุกต์ใช้ในการสร้างแผนที่จีโนมของกุ้งกุลาดำ ~iPenaeus monodon~i.
    กรุงเทพมหานคร : ฐานข้อมูลวิทยานิพนธ์ไทย.
เชิดศักดิ์ มณีรัตนรุ่งโรจน์ . 2547. "การพัฒนาเครื่องหมายไมโครแซเทลไลต์ไทป์ 1 และการประยุกต์ใช้ในการสร้างแผนที่จีโนมของกุ้งกุลาดำ ~iPenaeus monodon~i".
    กรุงเทพมหานคร : ฐานข้อมูลวิทยานิพนธ์ไทย.
เชิดศักดิ์ มณีรัตนรุ่งโรจน์ . "การพัฒนาเครื่องหมายไมโครแซเทลไลต์ไทป์ 1 และการประยุกต์ใช้ในการสร้างแผนที่จีโนมของกุ้งกุลาดำ ~iPenaeus monodon~i."
    กรุงเทพมหานคร : ฐานข้อมูลวิทยานิพนธ์ไทย, 2547. Print.
เชิดศักดิ์ มณีรัตนรุ่งโรจน์ . การพัฒนาเครื่องหมายไมโครแซเทลไลต์ไทป์ 1 และการประยุกต์ใช้ในการสร้างแผนที่จีโนมของกุ้งกุลาดำ ~iPenaeus monodon~i. กรุงเทพมหานคร : ฐานข้อมูลวิทยานิพนธ์ไทย; 2547.